Die Ruhe und Abgeschiedenheit der Landschaft des Naturparks hat viele Vorteile, besonders für seltene, an extreme Standorte angepasste und störungsempfindliche Tierarten. Der naturnahe Heidebach „Lutter“ im südlichen Teil des Naturparks ist z. B. die Heimat für über 160 gefährdete Pflanzen und Tierarten, u. a. der vom Aussterben bedrohten Flußperlmuschel.

Der Fischotter und der Schwarzstorch haben ihre Rückzugsstätte in Bachnähe. Die Zauneidechsen, Kreuzotter und Schlingnattern bahnen sich ihren Weg durch die Heidelandschaft, über der die Heidelerche singt. Fischadler, Eisvogel und Seeadler nutzen den Luftraum über den großen Fischteichlandschaften. Rauhfuß- und Sperlingskauze hingegen ziehen durch die riesigen Wälder. Blauflügelprachtlibellen, Quelljungfern und grüne Mosaikjungfern schwirren am Tag über die klaren Bäche. Kranich und Scharlachlibelle finden sich in den Mooren ein.

Das Landschaftsbild des Naturparks Südheide wird heute in erster Linie durch große zusammenhängende Wälder geprägt, die Teil eines der größten Waldgebiete in Niedersachsen sind. Sie bestehen hauptsächlich aus Kiefern und Fichten, entstanden durch die Heideaufforstungen des vorletzten Jahrhunderts. Hier finden sich u. a. Blaubeeren, Kronsbeeren, Elsbeeren und ein reicher Bestand an Pilzen. Die trockenen Sandheiden werden von der Besenheide, Wacholdern und einigen Gräsern gekennzeichnet. In den Feuchtheiden fallen insbesondere die Glockenheide und das Pfeifengras, im Herbst gelb leuchtend, auf. Die Ruhe und geringe Zersiedlung fördert darüber hinaus einen großen Bestand an Rot-, Reh- und Schwarzwild.