Das Landschaftsbild des Naturparks Südheide wird heute vor allem durch große zusammenhängende Wälder geprägt, die Teil eines der größten Waldgebiete in Niedersachsen sind. Die Wälder im Naturpark Südheide sind hauptsächlich Nadelwälder, bestehend aus Kiefern und Fichten, entstanden durch die Heideaufforstungen. Insbesondere ihre Größe, ihre Unzerschnittenheit durch Straßen und geringe bauliche Inanspruchnahme führen zu bemerkenswerter Stille, Einsamkeit, Schönheit sowie wunderbarer reiner und würziger Luft.

Im Naturpark Südheide gab es 1972 einen Orkan und 1975 einen großen Waldbrand, wobei ein Teil der Wälder zerstört und wieder aufgeforstet wurde. Infolge dessen hat ein großer Teil der Wälder im Naturpark Südheide ein geringes Alter, eine einheitliche Struktur und einen hohen Nadelbaumanteil (Kiefern). Die früheren königlichen Holzungen wie z. B. der Lüßwald im Nordosten des Naturparks besitzen jedoch noch naturnahe Laubwaldbestände aus alten Buchen und Eichen.

Ob im Frühjahr das frische Grün der Blätter oder im Herbst die farbenfrohe Laubfärbung – der Lüßwald bietet zu jeder Jahreszeit eine einzigartige Stimmung für lange Spaziergänge oder einsame Ausritte.

Die Quellen der Heidebäche liegen oft in idyllischen Mooren.

In den vom Grundwasser gespeisten Niedermooren wachsen u. a. Schilfröhricht, Seggen, Rohrkolben, Sumpfcalla und Wasserschwaden. Niedermoore finden sich vor allem in den Niederungen und Tälern der Heidebäche. Eines der größten ist das Postmoor bei Bargfeld. 

Zu den noch bestehenden Hochmooren zählt das unter Naturschutz stehende Bornrietmoor bei Oldendorf, aber auch bei Müden/Örtze oder Eversen sind noch kleine Moore erhalten geblieben.

In den von Regenwasser gespeisten Hochmooren, von denen leider nicht mehr viele existieren, findet sich ein Bestand gefährdeter Pflanzen wie z. B. Torfmoose, Sonnentau, Moorlilie, Wollgras, Fieberklee, Rosmarienheide sowie Orchideen wie dem gefleckten Knabenkraut oder der weißen Waldhyazinthe.